微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動代謝來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。

　　因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。

　　正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。

　　提高化肥利用率。隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。

　　為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。

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